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学术期刊
科学(Science) 自然(Nature) 细胞(Cell) 自然遗传学(Nature Genetics)
美国科学院院报(PNAS) 自然细胞生物学(Nature Cell Biology)
自然医学(Nature Medicine) 新英格兰医学杂志(New Eng J Med)
生物化学杂志(JBC) 美国人类遗传学杂志(Am J Hum Genet)
美国医学遗传学杂志(Am J Med Genet) 人类遗传学杂志(J Hum Genet)
神经元(Neuron) 基因治疗(Gene Therapy)
人类基因治疗(Human Gene Therapy) 核酸研究(Nucleic Acids Research)
皮肤病研究(J Invet Dermat) 癌症基因治疗(Cancer Gene Therapy)
基因医学杂志(J Gene Medicine) 分子治疗(Molecular Therapy)
当代基因治疗(Curr Gene Therapy)

数据库
人类孟德尔遗传数据库(OMIM) 美国国家生物技术信息中心(NCBI) 国际期刊文献检索(PubMed)
UCSC基因组信息数据库 人类基因突变数据库(HGMD) 中文期刊检索--(万方数据)
人类基因组数据库(GDB) Borgaonkar人类异常核型数据库 人类基因组计划基因命名委员会
GenBank 连锁分析 蛋白质信息资源数据库(PIR) UniGene数据库 dbSNP
美国食品药品监督管理局 国际生物资源中心(ATCC)

 


 

The Molecular Biology Database
  • Major sequence repositories
1. DDBJ (DNA Data Bank of Japan )
2. EMBL Nucleotide Sequence Database
3. GenBank
4. RefSeq (NCBI Reference Sequence Project )
5. Ensembl (Annotated information on eukaryotic genomes)
6. UCSC (Genome assemblies and annotation)
7. STACK (Non-redundant, gene-oriented clusters)
8. TIGR (Non-redundant, gene-oriented clusters)
9. UniGene (Non-redundant, gene-oriented clusters)
  • Gene Identification and Structure
1. AllGenes (Human and mouse gene index integrating gene, transcript and protein annotation )
2. ASAP (Alternative spliced isoforms )
3. CUTG (Codon usage tables )
4. EID  (Protein-coding, intron-containing genes )
5. EPD (Eukaryotic POL II promoters with experimentally-determined transcription start sites )
6. ExInt (Exonintron structure of eukaryotic genes )
7. Gene Resource Locator (Alignment of ESTs with finished human sequence )
8. HS3D (Human exon, intron and splice regions )
9. HUNT (Annotated human full-length cDNA sequences )
10. IDB/IEDB (Intron sequence and evolution )
11. PlantProm (Proximal promoter sequences for RNA polymerase II )
12. rSNP Guide (Single nucleotide polymorphisms in regulatory gene regions )
13. RTPrimerDB (Validated PCR primer and probe sequence records )
14. TSC SNP Consortium data ) (
15. SpliceDB (Canonical and non-canonical mammalian splice sites )
16. STRBase (Short tandem DNA repeats )
17. TRANSCompel (Composite regulatory elements )
18. Transterm (Codon usage, start and stop signals )
19. TRRD (Transcription regulatory regions of eukaryotic genes )
· Genetic and Physical Maps
1. G3-RH (Stanford G3 and TNG radiation hybrid maps)
2. GB4-RH (Genebridge4 (GB4) human radiation hybrid maps)
3. GDB (Human genes and genomic map)
4. GenAtlas (Human genes, markers and phenotypes)
5. GeneMap ' 99 (International Radiation Mapping Consortium human gene map)
6. GenMapDB (Mapped human BAC clones)
7. HuGeMap (Human genome genetic and physical map data)
8. IXDB (Physical maps of human chromosome X)
9. RHdb (Radiation hybrid map data)
10. The Unified Database (UDB)
11. CHLCCooperative Human Linkage Center ) Good! (The
  • Genomic Databases
1. CroW 21 (Human chromosome 21 database)
2. ERGO (Integrated biological data from genomic, biochemical, expression, and genetic experiments, and from the literature)
3. FlyBase (Drosophila sequences and genomic information)
4. GeneCards (Integrated database of human genes,maps, proteins and diseases)
5. Human BAC Ends Database (Non-redundant human BAC end sequences)
6. Mouse Genome Database (MGD) (Mouse genetics, genomics, alleles and phenotypes)
7. Rat Genome Database (Rat genetic and genomic data)
8. SOURCE (Functional genomic resource for annotations ontologies, and expression data)
9. ZFIN (Genetic, genomic and developmental data from zebrafish)
· Mutation Databases
1. ALFRED (Allele frequencies and DNA polymorphisms )
2. dbSNP (Single nucleotide polymorphisms)
3. HGVbase (Curated human polymorphisms)
4. Human Gene Mutation Database (HGMD)(Known (published) gene lesions underlying human inherited disease)
5. OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man)
· Protein Database
1. InterPro (Protein families and domains)
2. ooTFD (Transcription factors and gene expression)
3. Protein Information Resource (PIR) (Comprehensive, annotated, non-redundant protein sequence databases)
4. SWISS-PROT/TrEMBL (Curated protein sequences)
5. TIGRFAMs (Functional identification of proteins)
6. TRANSFAC (Transcription factors and binding sites)
· Protein Sequence Motifs
1. Blocks (Multiple alignments of conserved regions of protein families)
2. InterPro domains (Integrated documentation resource for protein families, domains, and sites)
3. Pfam (Multiple sequence alignments and hidden Markov models of common protein domains)
4. PRINTS (Hierarchical gene family fingerprints)
5. ProDom (Protein domain families)
6. SMART (Simple Modular Architecture Research Tool)
· Proteome Resources
1. GELBANK (2D-gel electrophoresis patterns from completed genomes)
2. REBASE (Restriction enzymes and associated methylases)
· Retrieval Systems and Database Structure
  1. TESS (Transcription element search system)
2. Virgil (Database interconnectivity)
· Structure
1. Gene3D (Precalculated structural assignments for genes within whole genomes)
2. MMDB linked (All experimentally-determined three-dimensional structures, linked to NCBI Entrez)
3. PDB (Structure data determined by X-raycryst allography and NMR)
Others
1. Cancer Genetics http://www.cancerindex.org/geneweb/index.htm
2. Genetic Linkage Analysis (many linkage associated tools) http://linkage.rockefeller.edu/index.html
3. WHO http://www.who.int/en/
4. Gene Chip associated linker:
GENE ONTOLOGYTM CONSORTIUM http://www.geneontology.org/
GeneCards http://bioinformatics.weizmann.ac.il/cards/
     
     
     
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